影响厌氧生物处理的因素主要有下列方面：

（1）pH值 产酸菌繁殖的增殖倍增时间是以分钟、小时计的，而产甲烷菌却慢达4～6d，且对pH变化的适应性很差。如果消化过程被产酸发酵阶段所控制，则产甲烷菌就被酸性发酵产物所抑制，因此平衡好两类细菌很重要。为此，消化过程的pH值控制应尽可能先满足产甲烷菌的需要，最宜的pH范围在6.7～7.2之间，过高或过低，厌氧消化过程会受到严重的抑制。

（2）温度 温度是影响微生物生命活动最为重要因素之一，对厌氧消化过程的影响十分显著。温度直接影响生化反应速率的快慢。消化作用的微生物中，有一种嗜温性微生物最适宜温度为32～35℃，另一种嗜热性微生物，可以在高温环境中繁殖，适宜温度为49～55℃。采用较高温度进行消化是有利的，可以缩短消化时间，但高温热耗大，还产生臭味，实际很少采用，而是采用中温消化为宜，一般约35℃。

（3）碳氮比 碳、氮是厌氧菌的生命活动过程中主要营养源。由于厌氧菌的呼吸作用没有氧分子参与，所以，分解有机物所获得的能量仅为需氧条件下的3％～10％，为了满足厌氧菌对于营养的要求，碳氮比十分重要。在高碳氮比进行发酵时，易造成产酸发酵优势；在低碳氮比进行发酵时，则易造成腐解发酵，蛋白质分解，氨释放加快，产甲烷量降低。为使产酸发酵和释氨速度配合得当，碳氮比值控制的适宜范围为（20∶1）～（30∶1）为好。

（4）有毒物质 有毒物质会使厌氧微生物消化过程受到影响，甚至遭到破坏，是厌氧消化过程的阻抑物。主要的有毒物质有重金属离子和过量阴离子。如重金属离子与酶结合，会产生变性物质或酶沉淀；硫化物超过100mg/L时，会严重影响产甲烷菌的活动，而硫化物是因阴离子SO^2－₄在硫酸还原菌的作用下产生的。因此，消化过程中SO^2－₄浓度必经严格控制，不得超过5000mg/L。其他有毒物质还有氰化物等。

（5）氧化还原电位 厌氧微生物的生命正常活动，需要有一个相应的厌氧环境，这个环境可用氧化还原电位来控制。例如，可以用氧化还原电位来控制环境的含氧浓度，以适合厌氧微生物的生长。又例如产甲烷菌的适宜的氧化还原电位为－400～－150mV，而非产甲烷菌在氧化还原电位为－100～＋100mV的环境下可以进行正常的生命活动。