虽然生物膜法和活性污泥法都是生物处理法，但是它们有许多不同之处。

（1）生物膜上的微生物固着在载体材料上，而在活性污泥法是悬浮生长的微生物。生物膜能够承受强烈的曝气搅拌冲击，因此生物膜法有利于微生物的生长、繁殖，而且微生物生长泥龄比活性污泥要长，在生物膜上能够存活世代时间较长的微生物，例如增殖速度很小的微生物，如硝化菌和亚硝酸菌等，对废水处理的效率提高十分有利。

（2）生物膜和活性污泥上出现的微生物类型、种属和数量上有所不同，如：

由上可见，生物膜上的微生物比活性污泥不仅种类多样化，数量上也多得多。生物膜上生长繁殖的微生物中，动物性营养类所占比例比较大，微型动物的存活率也高。因此，在生物膜上形成的食物链要比活性污泥上的食物链长，所以在生物膜处理系统内产生的污泥量少于活性污泥处理系统，污泥产量低。生物膜法形成的优势菌属，非常有利于微生物新陈代谢功能的充分发挥和有机污染物的降解。

（3）生物膜法比活性污泥法有更大的耐冲击负荷变化能力，同时生物膜的微生物固着载体附着生长，使生物膜的含水率低，单位反应器容积内的生物量可高达活性污泥法的5～20倍，因此生物膜反应器有较大的废水处理能力和净化能力。

（4）生物膜上脱落的污泥，含动物成分多，密度大；污泥颗粒大，沉降性能好，易于固液分离。生物膜反应器有较高生物量，一般不需要污泥回流。因而不需经常调节反应器内污泥量和剩余污泥排放量，易于运行、维护和管理。而活性污泥法中，常有污泥膨胀、固液分离难等问题，困扰着操作管理者。

（5）生物膜法能够处理低浓度的废水，当进水BOD₅是在20～30mg/L时，可使出水的BOD₅降低至5～10mg/L；而活性污泥法不适宜处理低浓度的废水，如废水的BOD₅长期低于50～60mg/L时，会使净化功能降低，处理水水质低下。

但是生物膜法比起活性污泥法也有不足之处，因为需要较多载体材料及结构支撑，常常投资要超过活性污泥法。生物膜法出水常有细小悬浮物分散其中，水的澄清度降低，活性生物量较难控制，在运行方面灵活性较差。