非氧化性杀生剂均有一定的毒性，故对微生物有很强的杀生能力，当加入冷却水系统杀生之后，会有一定未反应的残余量，会有一定余毒。这些残余杀生剂通过排污进入江河后，会对自然水体造成污染。为保护环境，排污水中的含毒量需符合国家标准的规定。因而在选用非氧化性杀生剂时，需了解其毒性等级。毒性物质排入水体后，直接危害水生生物，可能造成水生生物死亡或渔业减产。故一般需作鱼类的急性中毒试验，测定杀生剂的LC50值。水体中的残余杀生剂还会直接或间接危害牲畜及人类。故还需进行哺乳动物毒性试验，一般试验的动物是小白鼠或大白鼠，测定杀生剂的LD50值。LC50及LD50值均需由专业研究机构测定。