近年来国内外研制了许多细菌检测的简易新方法，这些方法多是针对平板法、稀释法和镜检法存在的缺点加以改进的。用平板法和稀释法需在实验室消毒、配制各种培养基等，工作耗时量大，新的方法多使这些工作商品化，用新的检测仪器或器皿方便现场使用，提高了工效，但随之会使检测费用增加。平板法和稀释法虽相对较准确，但培养时间长，出数据慢，新的方法则多能缩短检测时间，但有的准确度略差，并需与标准平皿计数法或稀释法作

对比试验校正检测数据，新的方法如下。（1）浸片法 这是一种用已消毒并载有培养基的试片代替标准平皿的方法，将测试片浸入水中5s，取出放入无菌培养袋密封，经12～24H培养，纸片上出现微红色的菌落，即数得好气异养细菌数。或是用一种两面分别涂以BHI和改良DHL培养基的生物测试片浸入水中片刻，再放入套管中培养48H，根据菌落密度和颜色，判定细菌总数。

（2）测试瓶法 又称小瓶法，用已消毒并装有培养基的密封小瓶代替稀释法的试管，采用稀释绝迹法按规定注入水样，并置于30～37℃下培养1～3d，有的为7d，进行细菌计数。

（3）亚甲基蓝法 又称褪色法，利用蓝色亚甲基蓝（又称美蓝）作为受氢体，根据亚甲基蓝褪色时间来测定脱氢酶的活力高低的原理测好气异养菌数，按褪色时间与平皿计数法的标准曲线得出水中含菌数，可使培养时间缩短到几至十几小时。

（4）比浊法与比色法 根据细菌生长引起菌液浑浊度或颜色变化而检测。

（5）阻抗法 由细菌生长引起培养基的化学变化，并以阻抗的变化形式测知。

（6）电位法 利用细菌在培养液中的生长和代谢作用，发生电极电位随时间变化来测定。

（7）发光法 ATP（三磷酸腺苷）存在于菌体内，与荧光素酶相互作用而发出生物光这一原理，制造ATP光度计检测细菌总数。

（8）截留法 用涂有一种特殊着色溶液的微孔过滤膜来截留水中细菌，由薄膜变色来快速检测细菌数。

此外，还有如JLQ－S₁型半自动菌落计数器、美国BiotrenⅢ型全自动菌落计数器、全自动螺旋菌落计测器等。