在循环冷却水中好气异养菌的数量多、繁殖快，危害最大。大多数好气异养菌的细胞壁外分泌有黏性的荚膜，使细菌具有特殊的内聚性和黏着性，容易在水中产生黏泥。因此，好气异养菌是循环冷却水中危害最大的细菌。经验证明，水中好气异养菌数量增加时黏泥的危害性也相应增加，故要求其在循环冷却水中的监控指标为≤1×10⁵个/mL。每周至少应监测一次。

有时候常将好气异养菌的数量当作水中细菌总数。严格说二者是不等的。循环冷却水系统中的细菌种类很多，不能用一种培养基来测定各种细菌的总量。目前一般所监测的细菌种类仅8种，远未测定所有种类。在微生物控制得不好的情况下，有时候氨化菌、硫氧化细菌、铁细菌、反硝化菌、亚硝酸菌和硝酸菌的数量也很多，甚至与好气异养菌数相近。以好气异养菌数作为细菌总数明显误差很大。但在多数情况下，好气异养菌常常是循环冷却水中最多的细菌，可以说是在循环冷却水中具有指示性和代表性的细菌种类。通过对它的监测可以了解微生物危害的总趋势。