（1）自养菌（无机营养型） 能直接利用无机物如空气中二氧化碳及无机盐类作为营养物来源，合成细胞所需要的碳源的微生物，叫自养菌。自养菌又分光能自养菌与化能自养菌。如藻类含叶绿素能够利用叶绿素吸收光能，从二氧化碳合成所需化合物，是光能自养菌。而化能自养菌能氧化一定的无机化合物，利用产生化学能还原二氧化碳合成有机物，这类细菌如硝化菌群、铁细菌、硫氧化细菌等。自然界中的化能自养菌分布较光能自养菌普遍，对于自然界中氮、硫、铁等物质转化有很大作用。
（2）异养菌 利用环境中的有机物进行氧化发酵得到细胞所需的营养物的菌种叫异养菌。它是不含叶绿素的。其中有些细菌生活在动植物尸体上吸收养料，这种营养方式叫腐生；有些细菌生活在活动的动、植物上吸收养料，这叫寄生。异养菌有好气性和厌气性之分。在循环冷却水中的异养菌多为好气性，能够利用水中的有机碳化合物进行繁殖。一般常将用特定异养菌培养基培养出的细菌统称为好气异养菌。经有关研究人员监测分析，循环冷却水中的好气异养菌约分60个属。其优势菌属为假单孢菌属、不动细菌属及芽孢杆菌属等。
