真菌是不含叶绿素的单或多细胞呈丝状或卵形的简单植物，它不分化出根、茎和叶，是不能进行光合作用的真核生物，多生活在土壤中不能移动。大部分菌体都是寄生在动植物的遗骸上，菌丝则以此为营养而生长。菌丝有数微米大小，大都无色，少数呈暗色。真菌产生的孢子可随空气进入冷却塔繁殖生长。水生真菌也可随水源进入冷却系统，能在冷却水中形成软泥。有些真菌能利用木材的纤维素作为碳源，将其转变为葡萄糖和纤维二糖，从而破坏冷却塔中的木结构。它还可能参与氨化、硝化和反硝化作用，引起电化学和化学腐蚀。在循环冷却水中，真菌的监控指标每毫升不得超过10个。

真菌最宜生长的温度为25～30℃，pH为6左右。然而在冷却塔中发现的许多菌种却能在34℃或甚至更高的温度下良好生长，它们常以生成孢子进行繁殖。下表是冷却水系统中常见的真菌，以及它们生长的适宜条件。

冷却水系统常见的真菌及其适宜的生长条件