磷系配方的碱性处理又可称为高pH值低磷酸盐法。碱性处理是20世纪60年代末国外提出的一种处理方法。这是使循环冷却水的pH值保持在碱性范围，一般控制在7.5～8.5左右。碱性处理和酸性处理相比，水的腐蚀性减轻，但结垢的可能性增加了。所以碱性处理除加酸量减少外，缓蚀剂量也减少很多，一般聚磷酸盐加入量为5～20mg/L。同时采用了磷系复合配方，即配方中除加入聚磷酸盐之外，还加入高效的阻垢剂和分散剂以抑制水垢和污泥的形成。碱性处理允许水中钙含量适当提高，一般>100mg/L（以CaCO₃计），有的达到200～300mg/L（以CaCO₃计）。

碱性处理比酸性处理的适应性广，但影响处理效果的因素很多，如水的pH值、钙离子含量、正磷酸盐含量、阻垢分散剂的质量和用量等，因而各项指标都需严格控制。