对电渗析器要经过一段时间的调试才能制定出最佳运行参数，这对于实现稳定和长周期运行关系很大。需要确定的参数主要有：

（1）流速和压力 电渗析器有一定的额定流量，不能过大或过小。过大，使进水压力过高，会发生装置的泄漏和变形。过小，悬浮物会黏附于电渗析器中，造成水流压力上升，除盐率下降，造成水流死角和局部极化结垢。因此水流过管道时的线速度控制在50～200mm/s。

（2）电流和电压 电渗析器以电位差为动力进行除盐，要控制一定的直流电压，以得到一定的工作电流。工作电流应低于极限电流。工作电流高，有利于提高设备效率；工作电流低，有利于防止极化。一般控制工作电流为极限电流的90％。如果选定的工作电流发生变化，要查清原因，不可贸然采用提高电压的办法来处理。

（3）倒极和酸洗 倒极就是为消除极化沉淀将运行的电渗析器阴、阳极互换一下。根据调试和运行情况来确定倒极和酸洗的时间间隔。但在水质和温度变化时，可根据具体情况来更改间隔周期。

（4）水的回收率 运行实践表明，为得到1t淡水，约需2.2～2.5t原水（包括极水），水的回收率控制在40％～45％左右。国外现在采用的倒极电渗析器，水的回收率大约在50％～95％范围内。