双层床的再生操作有气压法、水压法及低流速法三种，与固定床逆流再生法相似，但操作控制终点有所不同。下面为气压法操作步骤。
（1）小反洗操作 当运行至树脂失效之后，先从中排管道进水进行小反洗以松动树脂层，清除上层树脂污物及中排管的涤纶网（或塑料网）上的悬浮物和碎树脂，清洗至出水清净为止。
（2）放水操作 停止小反洗后，开中排管阀，放水至中排管不出水为止。
（3）顶压操作 进气，维持压力稳定在39.2～49.0kPa（0.4～0.5kgf/cm2）。
（4）再生操作 再生剂用HCl时，浓度2.5％，流速控制在5m/h；如用H2SO4时，先用浓度0.8％，后用2％的，流速控制在5m/h；如用NaOH时，先用浓度1.0％～1.5％的，流速控制在6m/h，后用浓度2％～3％的，流速控制在3m/h，时间要1H。
（5）置换操作 置换流速与再生时相同，对于阳双层床：置换到酸度小于10mmol/L，硬度小于5mmol/L；对于阴双层床：控制流速3～5m/h，直至电导率小于100μS/cm，碱度
小于50μmol/L。
（6）正洗操作 终点控制：对于阳双层床Na＋<100μg/L，硬度为0，酸度<0.2mmol/L；对阴双层床：SiO2<100μg/L，电导率<10μS/cm。
（7）运行操作 阳双层床出水的Na＋<500μg/L，或阴双层床出水电导率≤10μS/cm、SiO2≤100μg/L。
（8）双层床的反洗分层操作 阳双层床运行10周期左右，阴双层床运行20周期左右，要进行大反洗一次。大反洗初期，强、弱两种树脂发生混合，经过30min左右反洗之后，可以见到良好的分层，然后，停止大反洗操作，让树脂沉降下来，分层就更加明显了。
