再生剂是根据离子交换树脂的性能不同而有区分地选择。通常用于阳离子交换树脂的再生剂有：HCl、H₂SO₄、NH₃等；用于阴离子交换树脂的再生剂有：NaOH、Na₂CO₃、NaHCO₃，也可以用NH₃等。具体地说，强酸性阳树脂可用HCl或H₂SO₄；不宜采用HNO₃，因其具有氧化性；弱酸性阳树脂可以用HCl、H₂SO₄，或者是NH₃；强碱性阴树脂可用NaOH；弱碱性阴树脂可以用NaOH，或Na₂CO₃、NaHCO₃，也可用NH₃。其中NH₃虽再生效率低，但因价格低廉而常被采用。

此外，再生剂的选择，还应根据水处理工艺、再生效果、经济性及再生剂的供应情况综合考虑。例如HCl与H₂SO₄相比较，HCl的再生效果好，据测定，同样用4倍理论用量的再生剂，同样的再生流速，用HCl比用H₂SO₄再生可以提高001×7树脂的工作交换容量42％～50％。同时，H₂SO₄是二元酸，虽然产生二级电离，但离解度小，酸的利用率很低，还会产生“钙化”生成难溶的CaSO₄沉积，吸附于树脂表面。阻塞树脂的孔隙，使树脂的交换能力降低，从而也使再生效率降低。但是，H₂SO₄也有浓度高、价格便宜、腐蚀性相应较低的特点。而HCl虽然再生效果好，但有浓度低、价格贵、腐蚀性强等缺点。对强碱性阴树脂来说，由于要求提高除硅能力，通常是用强碱NaOH。而Na₂CO₃、NaHCO₃由于碱性低，难以取代树脂中的阴离子，特别是HSiO^－₃阴离子大部分仍留在树脂中，使得交换效果降低，出水中硅酸的残留量会增加，影响出水水质。