阴离子交换树脂的化学稳定性要比阳离子交换树脂差，所以阴离子交换树脂对于氧化剂和高温的抵抗能力较弱。阴离子交换树脂最易受到侵害的部位是分子中的氮，如季铵型的强碱性阴树脂在受到氧化剂侵蚀时季铵逐渐变为叔胺、仲胺、伯胺，使得碱性减弱，最后降解为非碱性物质。这就是阴离子交换树脂的氧化变质过程。在此过程中，强碱性交换基团逐渐降解减少，弱碱性交换基团比例增加，阴树脂总的交换基团也在减少。开始时阴树脂氧化变质的速度最大，随后逐渐降低，约两年之后，氧化变质速度几乎恒定。

许多厂曾发现强碱Ⅱ型阴离子交换树脂更容易发生强碱性交换基团减少，转化为弱碱性交换基团，转化率常高达百分之几十。这就使树脂的中性盐分解的离子交换能力下降。如果水中阴离子中弱酸根离子（如HCO^－₃、HSiO^－₃）的比例不大，对树脂交换容量的影响并不明显；但比例大时则影响明显，使除硅能力降低。有时候不得不更换树脂。为了防止阴树脂氧化变质，在进入阴离子交换塔之前，要尽力将水中氧化剂除去。运行中，要切实控制好水温。有的厂为了提高阴树脂的除硅效果将再生剂溶液加温，但要注意切不可过高。