水的消毒方法可分化学的和物理的两种。物理消毒方法有加热法、紫外线法、超声波法等。化学方法有加氯法、臭氧法、重金属离子法以及其他氧化剂法等。其中以加氯法使用最为普遍，因为氯的消毒能力强，价格便宜，设备简单，余氯测定方便，便于加量调节等优点而得到广泛应用。加氯法，除使用氯气之外，还有氯的化合物，如次氯酸钠、次氯酸钙、氯胺类以及最近国外在自来水厂中广为应用的二氧化氯———这是一种比氯的氧化性能更为强烈的氧化剂。
消毒还可以用非氧化型杀生剂，如氯酚类化合物、季铵盐类化合物、二硫氰酸甲酯、盐酸十二烷基胍、有机溴化物等，以及国内研制成功的NL－4、SQ8、BCDMH等都是有效的消毒剂。此外，早期使用的还有铜盐，如硫酸铜等杀生剂，这些都属于化学方法消毒。
